Nach dem Ausscheiden von Forth übernahm Peter Eyer die kommissarische Leitung des Instituts.
Er leitete die Forschungsgruppe Biochemische Toxikologie mit dem Hauptanliegen, die Therapie der Organophosphat-Vergiftung zu verbessern. Hierzu wurden die kinetischen Daten der beteiligten Einzelreaktionen ermittelt, ihr Zusammenspiel in silico simuliert, in experimentellen Modellen validiert und ihre Realisierung im Rahmen klinischer Studien bei Vergifteten geprüft.
In die kommissarische Leitungsphase fielen seit Beginn der 90iger Jahre bestehende Planungen, das Walther-Straub-Institut nach modernen Brandschutzgesichtspunkten umzubauen. Das betraf vor allem den erst 30 Jahre alten Neubau. Nach vielen Entwürfen und Verwürfen entschloss sich die Medizinische Fakultät, den Lehrstuhl drastisch zu verkleinern und in dem Gebäude an der Nußbaumstraße auch die Rechtsmedizin unterzubringen. Mehrere etatische Akademikerstellen wurden in dieser Zeit dem Institut entzogen oder konnten nicht wiederbesetzt werden. Da die Medizinische Fakultät die pharmakologische Forschung zugunsten der toxikologischen favorisierte, einigte man sich schließlich auf den Vorschlag, ein pharmakologisches Institut in dem vollständig renovierten Gebäude der ehemaligen Physiologischen Chemie Ecke Pettenkoferstr. 14 / Goethestraße 33 zu etablieren. Damit rückt das Institut in die unmittelbare Nachbarschaft des Hauses, in dem die Pharmakologie in München unter v. Tappeiner in der ehemaligen Findlingstraße entstand. Nach den Umbauarbeiten in der Nußbaumstraße wurde dort wieder eine toxikologische Abteilung installiert.
Mit dem Eintritt in den Ruhestand von Peter Eyer im Jahr 2007 übernahm Elmar Richter die weitere kommissarische Leitung für das Institut. Seit Mai 2008 hat das Walther-Straub-Institut wieder einen Ordinarius und steht nunmehr unter der Leitung von Prof. Dr. med. Thomas Gudermann.