Mock Lab

Klinische Bioinformatik

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Der Pathologie kommt eine Schlüsselrolle in der Digitalisierung der Medizin zu. Durch rasante Weiterentwicklungen in der molekularen Diagnostik und Digitalisierung von histologischen Schnitten werden in naher Zunkunft die mit Abstand größten Datenmengen pro Patient in der Pathologie erhoben werden.

Hieraus ergibt sich die Notwendigkeit, dass sich Pathologische Institute als Klinische Datenintegrationszentren verstehen müssen. Um dieser Entwicklung gerecht zu werden, möchten wir das interdisziplinäre Fach der Klinischen Bioinformatik weiterentwickeln und stärken und freuen uns hierbei über eine steigende Anzahl an Medizinner:innen, als auch (Bio-)Informatikern die sich für Datenanalysen im klinischen Kontext interessieren.

Viele der wichtigen Entwicklungen finden in Rahmen von nationalen und internationalen Netzwerken statt, an denen das Pathologische Institut der LMU beteiligt ist. Diese umfassen beispielhaft:

• Harmonisierte Annotation und Bewertung von molekularen Alterationen
• Entwicklung von interaktiven Clinical Decision Support Tools für das Molekulare Tumorboard
• Aufbau einer digitalen Biobank von eingescannten histologischen Schnitten
• Aufbau einer Datenschutz konformen Compute Infrastruktur für Maschinelles Lernen
• Multi-modale Datenintegration

Ausgewählte Publikationen

NCT/DKFZ MASTER handbook of interpreting whole-genome, transcriptome, and methylome data for precision oncology
Mock A*, Teleanu MV*, Kreutzfeldt S, Heilig CE, Hüllein J, Möhrmann L, Jahn A, Hanf D, Kerle IA, Singh HM, Hutter B, Uhrig S, Fröhlich M, Neumann O, Hartig A, Brückmann S, Hirsch S, Grund K, Dikow N, Lipka DB, Renner M, Bhatti IA, Apostolidis L, Schlenk RF, Schaaf CP, Stenzinger A, Schröck E, Hübschmann D, Heining C, Horak P, Glimm H, Fröhling S.
NPJ Precis Oncol. 2023 Oct 26;7(1):109. doi: 10.1038/s41698-023-00458-w.

Transcriptome profiling for precision cancer medicine using shallow nanopore cDNA sequencing
Mock A, Braun M, Scholl C, Fröhling S, Erkut C.
Sci Rep. 2023 Feb 9;13(1):2378. doi: 10.1038/s41598-023-29550-8.

Comprehensive Genomic and Epigenomic Analysis in Cancer of Unknown Primary Guides Molecularly-Informed Therapies Despite Heterogeneity
Möhrmann L*, Werner M*, Oleś M*, Mock A*, Uhrig S, Jahn A, Kreutzfeldt S, Fröhlich M, Hutter B, Paramasivam N, Richter D, Beck K, Winter U, Pfütze K, Heilig CE, Teleanu V, Lipka DB, Zapatka M, Hanf D, List C, Allgäuer M, Penzel R, Rüter G, Jelas I, Hamacher R, Falkenhorst J, Wagner S, Brandts CH, Boerries M, Illert AL, Metzeler KH, Westphalen CB, Desuki A, Kindler T, Folprecht G, Weichert W, Brors B, Stenzinger A, Schröck E, Hübschmann D, Horak P, Heining C, Fröhling S, Glimm H.
Nat Commun. 2022 Aug 2;13(1):4485. doi: 10.1038/s41467-022-31866-4.

Comprehensive Genomic and Transcriptomic Analysis for Guiding Therapeutic Decisions in Patients with Rare Cancers
Horak P* Heining C*, Kreutzfeldt S*, Hutter B*, Mock A**, Hüllein J, Fröhlich M, Uhrig S, Jahn A, Rump A, Gieldon L, Möhrmann L, Hanf D, Teleanu V, Heilig CE, Lipka DB, Allgäuer M, Ruhnke L, Laßmann A, Endris V, Neumann O, Penzel R, Beck K, Richter D, Winter U, Wolf S, Pfütze K, Geörg C, Meißburger B, Buchhalter I, Augustin M, Aulitzky WE, Hohenberger P, Kroiss M, Schirmacher P, Schlenk RF, Keilholz U, Klauschen F, Folprecht G, Bauer S, Siveke JT, Brandts CH, Kindler T, Boerries M, Illert AL, von Bubnoff N, Jost PJ, Spiekermann K, Bitzer M, Schulze-Osthoff K, von Kalle C, Klink B, Brors B, Stenzinger A, Schröck E, Hübschmann D, Weichert W, Glimm H, Fröhling S.
Cancer Discov. 2021 Nov;11(11):2780-2795. doi: 10.1158/2159-8290.CD-21-0126.

Knowledge Bases and Software Support for Variant Interpretation in Precision Oncology
Borchert F*, Mock A*, Tomczak A, Hügel J, Alkarkoukly S, Knurr A, Volckmar AL, Stenzinger A, Schirmacher P, Debus J, Jäger D, Longerich T, Fröhling S, Eils R, Bougatf N, Sax U, Schapranow MP.
Brief Bioinform. 2021 Nov 5;22(6):bbab246. doi: 10.1093/bib/bbab246.

Surfactant Expression Defines an Inflamed Subtype of Lung Adenocarcinoma Brain Metastases that Correlates with Prolonged Survival
Pocha K*, Mock A*, Rapp C, Dettling S, Warta R, Geisenberger C, Jungk C, Martins LR, Grabe N, Reuss D, Debus J, von Deimling A, Abdollahi A, Unterberg A, Herold-Mende CC
Clin Cancer Res. 2020 May 1;26(9):2231-2243. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-19-2184.