Mit der Errichtung der Friedrich-Baur-Stiftung im Jahr 1953 wollte Dr. h. c. Friedrich Baur die aus der Stiftung fließenden Mittel insbesondere auf die Erforschung und Behandlung der Kinderlähmung konzentrieren, an der seine Frau Kathi Baur erkrankt war. So kam es zur Errichtung des Friedrich-Baur-Instituts an der Medizinischen Fakultät der Ludwig-Maximilians-Universität in München. Die medizinische und pflegerische Betreuung von Patienten mit schweren Formen der Kinderlähmung galt damals als Pionierwerk. Frau Kathi Baur konnte noch miterleben, wie die Krankheit nicht zuletzt dank des erfolgreichen Wirkens der Friedrich-Baur-Stiftung und der Einführung der Poliomyelitis-Schutzimpfung in Deutschland so gut wie besiegt wurde. Dank dieser erfreulichen Entwicklung wurde der Stiftungszweck deshalb auf die Erforschung und Behandlung entzündlicher Nervenkrankheiten erweitert. Die Medizinische Fakultät der Ludwig-Maximilians-Universität in München erhält 4/5 der Erträgnisse aus dem Stiftungsvermögen. Davon die Hälfte erhalten v. a. Nachwuchswissenschaftlerinnen und Nachwuchswissenschaftler für Forschungsprojekte an der Medizinischen Fakultät.
Die aktuelle Ausschreibung zur Vergabe der Stiftungsmittel der Friedrich-Baur-Stiftung zur Förderung der Forschung und Verbesserung der Krankenbehandlung in der Medizinischen Fakultät der Ludwig-Maximilians-Universität München erfolgt voraussichtlich Anfang 2026.